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Data Análisis - Backyard Brains
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Data Análisis

Trabajamos duro para continuar mejorando nuestro software (estamos contratando, por si acaso), y nuestro plan es hacer el registro y análisis de espigas cada vez más fácil.. Pero, por ahora, ¿cómo puedes sacar las espigas de tu SpikerBox y meterlas a tu computador para analizar los datos? Hay varias opciones.

1. Si tienes un iPhone/iPad/iPod Touch

Con nuestro cable para smartphone, puedes conectar la señal de salida del SpikerBox a tu iPhone, usando la aplicación (de descarga gratuita) de Backyard Brains.

Exp9 iPhoneApp sm.jpg

Luego, cuando las espigas aparezcan, aprieta el botón de grabación. Tu señal se grabará como un archivo de audio .aif no comprimido. Puedes enviarte este archivo a tu correo usando los menús del sistema de archivos (botón "Compartir") o a través de una red de conexión inalámbrica TCP / IP. Ten en cuenta que no es estrictamente necesario usar el cable del iPhone, simplemente podrías colocar el SpikerBox al lado de tu iPhone para grabar a través del micrófono del iPhone. Va a ser ruidoso, eso sí.

2. Si tienes un teléfono Android

¡Lanzamiento reciente, en Octubre de 2011! Ahora puedes descargar la versión Android de nuestro software. Actualmente, esta versión permite visualización en modo continuo y grabación, el “modo umbral” será añadido pronto. El cable para Smartphone también funciona en teléfonos Android.

3. Si tienes un computador portátil corriendo cualquier Sistema Operativo

Audacity es un programa de grabación de audio de código abierto que funciona en cualquier computador, en cualquier sistema operativo, y se puede utilizar para registrar espigas a través de la línea de audio en un notebook.

Exp9 Audacity.jpg


Pero, ¿qué cable debo usar con mi computador portátil

Depende del computador. La mayoría de los equipos portátiles tienen dos líneas separadas, la entrada de línea y el conector de audífonos. Debes conectarte a la entrada de línea (micrófono). Puedes usar un cable stereo 3,5 mm normal (también comprarlo con nosotros, lo llamamos "cable de laptop").

Dell.jpg

Si tienes un computador portátil Mac con dos puertos de audio (como el MacBook Pro nuevo y los iBooks y MacBooks más viejos), necesitar conectarte al puerto de entrada de línea (tiene un símbolo raro).

MacBookPro1.jpg

Si tienes un MacBook Air o un MacBook Pro más viejo, necesitas usar nuestro Cable para Smartphone. Un cable de audio normal no va a funcionar. Estos portátiles sólo tienen un conector de audio y es una combinación de micrófono/audífonos.

MacBookAir1.jpg


¿Y cómo puedo configurar Audacity para grabar mis espigas?

  1. Carga completamente la batería de tu computador portátil y graba con el SpikerBox con tu laptop funcionando sólo con batería. Si necesitas usarlo enchufado, usa una Jaula de Faraday con tu SpikerBox.
  2. Ajusta el brillo de la pantalla al máximo. En algunos computadores, una pantalla con baja luz "parpadea", causando ruido eléctrico que no percibimos, pero sí tu SpikerBox.
  3. Conecta tu computador al SpikerBox con el cable adecuado, como ya mencionamos.
  4. Abre Audacity, y haz click en Editar → Preferencias. Debido a diferencias entre las versiones de Audacity, puede haber diferencias en la forma que esta ventana se organiza. Los valores que necesitas configurar son los mismos, incluso si se ven un poco diferente en la pantalla.
  5. Selecciona la pestaña Audio I/O en la ventana de Preferencias. Algunas versiones de ponen esta ventana en la pestaña Dispositivos.
  6. Selecciona la opción "Input Asignado" como dispositivo de grabación desde el menú desplegable.
  7. SSelecciona "1 (Mono)" en “canales” en el menú desplegable (a menos que estés haciendo nuestros experimentos de Velocidad de Conducción en Lombriz de tierra, entonces debes seleccionar "2 (estéreo)").
  8. Seleccione "Output Asignado", como el dispositivo de reproducción a partir del menú desplegable.
  9. Los siguientes pasos se encuentran en la pestaña audio I/O o de grabación en la ventana Preferencias. Las casillas siguientes se enumeran en el orden en que aparecen:
  10. Desmarca la casilla: Remezclar.
  11. Marca la casilla: Reproducción a través del Hardware (solo para Mac)
  12. Marca la casilla: Reproducción a través del Software (para Mac y Windows)
  13. Selecciona la pestaña Calidad. Establece la Frecuencia de Muestreo Predefinida en 44100 Hz (o 44.100 veces por segundo).
  14. Ahora Audacity debiera estar configurado para grabar desde tu SpikerBox. Presiona el botón "Grabar" en la parte superior izquierda de la pantalla, haz zoom en el eje Y (haciendo click en el eje Y. Puedes alejarte haciendo click con la tecla Shift presionada).

A continuación se muestran ejemplos de cómo la ventana de preferencias debiera estar configurada. Ten en cuenta que tu versión de Audacity puede ser diferente, pero la configuración será la misma. Se muestran dos ejemplos, con los ajustes más importantes resaltados.

AudacityMac.jpg


Audacity PC.jpg

4. Si tienes un computador portátil con Windows

Puedes utilizar “SpikeHound”, un gran software, escrito por Gus Lott III, que surgió de nuestros amigos en el grupo CRAWDAD de Cornell.

Exp9 SpikeHound.JPG

Este software está dirigido a estudiantes de pregrado o profesores, por lo que puede ser intimidante para los novatos, pero tiene un buen manual de instrucciones en su página web.

5. Si tienes un computador portátil con Windows OS y Matlab

SimpleNeuro fue diseñado y codificado por nuestros amigos Mohsen Omrani y Ethan Heming en la Universidad de Queen en Kingston, Ontario, Canadá. Este programa te permitirá mostrar espigas en tiempo real, y también realizar análisis de datos al instante tras conectar tu SpikerBox a través de la entrada de línea en tu computador portátil.

Exp9 SimpleNeuro.JPG

Si tienes preguntas acerca de su software, puedes contactarte con Ethan en su correo, heming.e [at] gmail [dot] com.

6. Si tienes un PC de escritorio (o torre)

No apoyamos el uso de computadores de escritorio con el SpikerBox. Tus grabaciones van a estar hundidas en ruido de línea de 60 Hz (o 50 Hz en Europa). Después de registrar datos en un computador portátil corriendo en batería, no hay problemas en hacer el análisis de datos en un PC de escritorio. ACTUALIZACIÓN: Hemos descubierto que si construyes una Jaula de Faraday, puedes reducir drásticamente el ruido de línea, y se puede grabar en una computador de escritorio sin problemas.

7. Si eres un neurocientífico profesional (o un aficionado listo para adentrarse en la madriguera del conejo), puedes comenzar a analizar los datos con Matlab:

A Matlab le gustan los archivos .wav, así que guarda las grabaciones en ese formato. Si registras espigas con nuestra aplicación para el iPhone, la aplicación guarda los datos en un archivo .aif sin comprimir. Puedes convertir el archivo .aif a un .wav con Audacity o iTunes.

Una vez que tengas el archivo .wav de tu grabación, abre Matlab, y sólo tiene que ir a Archivo → importar datos. Tus datos aparecerán en el área de trabajo con las variables: [data] [fs]

Data" es la información bruta. "fs" es la frecuencia de muestreo de tus datos.

Te dejamos con una simple función (plotSpikes.m) ) para que empieces y grafiques tus datos.

Si estás buscando una manera simple para contar el número de espigas en tu experimento, Jennifer M. Groh del Center for Cognitive Neuroscience at Duke University nos ha enviado un código Matlab que te ayudará. Importa tus datos de SpikerBox a Matlab, luego corre count_spikerbox_spikes. Escribe la hora de inicio y término del experimento, selecciona un umbral de voltaje, y el script contará (y te mostrará) cuántas espigas han cruzado ese umbral.

¡Qué tus análisis sean prósperos! Si logras desarrollar algo, o encuentras algo interesante, ¡cuéntanos!


P.D. ¿Tus grabaciones aún tienen demasiado ruido? Este antiguo video (hecho en el verano de 2010) puede ayudarte a identificar fuentes de ruido.


Esta página fue modificada por última vez el 26 jun 2012, a las 00:27.